SSH (ang. Secure Shell) można wykorzystać do obsługi Raspberry Pi z komputera (np. za pomocą PuTTY) albo do przesyłania plików między komputerem i Raspberry Pi. Żeby jednak móc korzystać z dobrodziejstw tego bezpiecznego protokołu, należy dokonać drobnej zmiany domyślnej konfiguracji Raspberry Pi.